为扩大淮河下游洪水出路，1998年，淮河入海水道一期工程开工，并于2003年6月完成主体工程，形成了“一水入江，四流归海”的格局。
淮河入海水道一期工程全长162.3千米，自洪泽湖二河闸向东，沿苏北灌溉总渠北侧挖河筑堤，与总渠两河三堤并行入海。整个工程由河道工程及二河、淮安、淮阜、滨海、海口五大枢纽（控制）组成。其中，淮安枢纽，即大运河立交是入海水道的第二级枢纽。为满足入海水道泄洪和京杭大运河通航需求，该枢纽采用上槽下洞的结构，上部航槽承接京杭大运河南北航运，下部15孔巨大涵洞自西向东沟通淮河入海水道，设计行洪流量2270立方米每秒。大运河立交是亚洲同类工程规模最大的上槽下洞水上立交工程。
尽管淮河入海水道一期工程一定程度上承担了淮河洪水外排入海的任务，但仍无法完全满足泄洪需求。2022年7月，总投资约439亿元的淮河入海水道二期工程开工建设，淮河治理翻开新的一页。
淮河入海水道二期工程淮安枢纽项目建成后，行洪能力将达到7000立方米每秒，洪泽湖防洪标准将由100年一遇提高到300年一遇。同时，有利于减轻淮河中游防洪除涝压力，降低洪泽湖周边滞洪区启用概率，改善渠北地区灌排条件，并为淮河出海航道建设创造条件。
作为淮河入海水道二期工程的重要组成部分，淮安枢纽将在一期地涵北侧新建二期立交地涵30孔，也就是向北再延伸原地涵的2倍那么长。新老地涵结构形式基本一致，同为上槽下洞，新地涵上部京杭运河航槽宽度将达到91米，下部地涵用于入海水道泄洪。此外，二期工程还将扩挖上下游引河2.96千米、加固堤防5.92千米，配套相应的水土保持、环境保护工程等。
淮河入海水道二期工程是新中国成立以来江苏投资额和工程量最大的单体水利工程。其中，淮安枢纽项目概算投资约17亿元，又是二期工程中单体投资最大的项目。
具体来说，整个项目将分三个阶段进行。第一阶段，实施临时导航明渠（即临时导流河）及大围封截渗墙；第二阶段，进行淮安枢纽主体施工；第三阶段为工程扫尾。
淮安枢纽项目合同工期为48个月，在这漫长的周期里，施工面临重重挑战。京杭大运河是二级航道，等级高，年货运量约3亿吨，这对导航明渠的设计提出了更高要求。新老地涵之间分流岛的设计既是工程亮点，也是实施难点。此外，由于京杭大运河与入海水道水位差大，为确保工程运行安全，需严格应对大体积、薄壁、超长涵洞混凝土的温控及防裂。
将钢筋加工、混凝土生产、泥浆制造工厂化，实现材料预制；根据传感器数据，检测监测混凝土内外温度变化，保证混凝土施工质量；实现关键结构BIM制作、可视化交付；引进整平机器人，实现无人自主运动及高精度施工；借助挖掘机引导系统，采用北斗高精度定位技术，引导机手作业，防止工作区域内欠挖或多挖；项目施工期间，通过无人机定期跟踪观测工程进度……这些技术的应用将全面提升项目施工管理标准化水平、质量控制数字化水平。
项目于今年4月18日正式开工，现在的工作主要是大围封截渗墙、导航明渠以及跨导航明渠人行钢便桥相关临时附属工程的施工。导航明渠从今年6月开始填充筑北侧，封堵围堰，然后进行了内部的航道开挖，包括土方开挖、及护坡和钢管桩围堰施工等。截至目前，已经完成部分航道开挖，钢板桩围堰施工打了400余根，护坡完成150米左右。跨导航明渠人行钢便桥的整体下部混凝土结构，包括桥梁、桥台已经完成，正在进行上部钢结构的安装。
根据总体进度安排，淮安枢纽项目计划9月完成跨导航明渠人行钢便桥施工，11月完成导航明渠施工并实现京杭运河航道转换；2026年5月底前，将先后完成立交地涵水下主体工程，恢复京杭大运河原水道通航，具备入海水道行洪条件；项目整体工程将于2028年4月完工。